שמן זרעי פפאיה מכיל חומצות שומן בלתי רוויות. הבולטים שבהם הם: חומצה אולאית, פלמיטית וסטארית. בנוסף, הוא מכיל גם ויטמינים תזונתיים E, C ו- B. בנוסף, הוא מכיל מגנזיום ואשלגן.
שמן זרעי פפאיה מכיל גם ליקופן , המגן מפני קרינה אולטרה סגולה. הוא מכיל גם פפאין , אנזים המשמש לפילינג של האפידרמיס.