לאינולין יש השפעה מיטיבה על פלורת המעיים על ידי גירוי צמיחתם של חיידקים מועילים, כגון ביפידובקטריה. הודות לכך, אינולין משפר את העיכול והספיגה של חומרים מזינים ותומך באופן כללי במערכת החיסון כולה. הודות לתכונותיהם של סיבים מסיסים, הם גם מסייעים בוויסות רמות הסוכר בדם ומקדמים תחושת שובע. זהו לעתים קרובות מרכיב בדיאטות הרזיה ומוצרים לחולי סוכרת.
בתעשיית המזון הוא משמש גם כחומר מעבה טבעי ומשפר מרקם.
